La pandemia y sus terribles consecuencias generaron continuas tensiones y enfrentamientos políticos, especialmente entre Moncloa y la Comunidad de Madrid. A ello hay que sumar que durante lo peor de los contagios, algunas administraciones realizaron contratos de compra de material sanitario de forma presuntamente irregular, con el posible pago de comisiones que ahora son investigados en los tribunales.
Son los casos de ministerios como el de Transportes, y Comunidades como Baleares o Canarias, dirigidas entonces por ministros del gobierno actual. Hay que recordar también cómo numerosos casos de corrupción se generaron en la compra de material sanitario para hacer frente al virus.
También fue polémico el presunto comité de expertos que encabezaba Fernando Simón y del que nunca se dio a conocer el nombre de sus integrantes.
